PCR(Polymerase Chain Reaction，聚合酶鏈反應)是一種選擇性體外擴增DNA或RNA的方法.
它包括三個基本步驟：
(1) 變性(Denature)：目的雙鏈DNA、片段在94℃下解鏈；
(2) 退火(Anneal):兩種寡核苷酸引物在適當溫度(50℃左右)下與模板上的目的序列通過氫鍵配對；
(3) 延伸(Extension):在Taq DNA聚合酶合成DNA的適溫度下，以目的DNA為模板進行合成。由這三個基本步驟組成一輪循環，理論上每一輪循環將使目的DNA擴增一倍，這些經合成產生的DNA又可作為下一輪循環的模板，所以經25-35輪循環就可使DNA擴增達106 倍。
PCR反應中的主要成份：
1、引物：PCR反應產物的特異性由一對上下游引物所決定。引物的好壞往往是PCR成敗的關鍵。引物設計和選擇目的DNA序列區域時可遵循下列原則：
(1) 引物長度約為16-30bp， 太短會降低退火溫度影響引物與模板配對，從而使非特異性增高。太長則比較浪費，且難以合成。
(2) 引物中G+C含量通常為40%-60%，可按下式粗略估計引物的解鏈溫度 Tm＝4(G+C)+2(A+T)。
(3) 四種堿基應隨機分布，在3'端不存在連續3個G或C，因這樣易導致錯誤引發。
(4) 引物3'端好與目的序列閱讀框架中密碼子或第二位核苷酸對應， 以減少由于密碼子擺動產生的不配對。
(5) 在引物內， 尤其在3'端應不存在二級結構。
(6) 兩引物之間尤其在3'端不能互補， 以防出現引物二聚體， 減少產量。兩引物間好不存在4個連續堿基的同源性或互補性。
(7) 引物5'端對擴增特異性影響不大， 可在引物設計時加上限制酶位點、核糖 體結合位點、起始密碼子、缺失或插入突變位點以及標記生物素、熒光素、等。通常應在5'端限制酶位點外再加1-2個保護堿基。
(8) 引物不與模板結合位點以外的序列互補。所擴增產物本身無穩定的二級結構， 以免產生非特異性擴增，影響產量。
(9) 簡并引物應選用簡并程度低的密碼子， 例如選用只有一種密碼子的Met， 3'端應不存在簡并性。否則可能由于產量低而看不見擴增產物。
一般PCR反應中的引物終濃度為0.2-1.0μmol/L。引物過多會產生錯誤引導或產生引物二聚體， 過低則降低產量。利用紫外分光光度計， 可計算引物濃度， 在1cm光程比色杯中，260nm下，引物濃度可按下式計算：
X mol/L＝ OD260/ A(16000)+C(70000)+G(12000)+T(9600)
X： 引物摩爾濃度，A、C、G、T：引物中4種不同堿基個數。
