由多個(gè)氨基酸分子縮合而成,含有多個(gè)肽鏈的化合物,叫做多肽.多肽通常呈鏈狀結(jié)構(gòu),叫做肽鏈.一個(gè)蛋白質(zhì)分子可以含有一條或幾條肽鏈,肽鏈通過一定的化學(xué)鍵互相連接在一起.這些肽鏈不呈直線,也不在同一個(gè)平面上,而是形成非常復(fù)雜的空間結(jié)構(gòu).也就是說,蛋白質(zhì)是若干多肽經(jīng)過加工變形得到的具有復(fù)雜空間結(jié)構(gòu)的大分子.選擇多肽還是蛋白作為抗原？遠(yuǎn)慕生物科技為你解答：需要根據(jù)抗體應(yīng)用于什么實(shí)驗(yàn)，以及您所能獲得的材料來決定
1. 實(shí)驗(yàn)過程中蛋白處于天然狀態(tài)，這時(shí)使用的抗體識(shí)別的一般是蛋白的構(gòu)象表位和線性表位；這樣的實(shí)驗(yàn)主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及Elisa法檢測天然蛋白等
2. 實(shí)驗(yàn)過程中蛋白處于變性或半變性狀態(tài)，這時(shí)大部分的構(gòu)象表位已被破壞，抗體識(shí)別的一般都是線性表位；這樣的實(shí)驗(yàn)主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作為抗原制備的抗體，識(shí)別的是線性表位，在使用時(shí)蛋白處于變性或半變性狀態(tài)下，結(jié)果可以令人滿意；但不能夠保證識(shí)別天然蛋白以蛋白作為抗原制備的抗體，識(shí)別蛋白的線性和構(gòu)象表位，基本上所有的實(shí)驗(yàn)都可以應(yīng)用，所以，用蛋白作為抗原應(yīng)是，但是在多肽抗原已可滿足實(shí)驗(yàn)要求而且得到蛋白有一定難度的情況下，以多肽作為抗原制備抗體更加合適。
3. 如果提供全氨基酸序列的話，就可以表達(dá)蛋白；如果提供的只是多肽序列的話，那么只能合成多肽，但是一般來說，用完整的蛋白比用多肽免疫的效果要好，而且多肽免疫后的血清不保證一定可以識(shí)別完整的抗原。因?yàn)殡闹皇且粋€(gè)線性序列，而且是人工合成的，所以針對(duì)這個(gè)肽的抗體能否識(shí)別天然蛋白是不確定的，所以在制備抗體之前，對(duì)肽的設(shè)計(jì)很重要。
什么情況應(yīng)該考慮用設(shè)計(jì)多肽做抗原？
答：如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表達(dá)等原因得不到抗原蛋白，或者僅需要得到針對(duì)抗原蛋白某幾個(gè)特定表位的抗體，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。例如僅需要生產(chǎn)針對(duì)蛋白質(zhì)某個(gè)區(qū)域的特異抗體，比如研究蛋白質(zhì)N端的前體物，可以設(shè)計(jì)N末端的多肽抗原。如果抗體的使用目的是識(shí)別修飾的氨基酸，如磷酸化的絲氨酸、蘇氨酸或者酪氨酸，乙酰化賴氨酸等，就必須對(duì)多肽進(jìn)行相應(yīng)的修飾。一般情況下抗血清能夠識(shí)別用來免疫的多肽序列，但是不一定識(shí)別天然蛋白質(zhì)的折疊結(jié)構(gòu)。非連續(xù)性抗原的抗體能否識(shí)別抗原決定簇取決于用于抗體生產(chǎn)的多肽是否存在二級(jí)結(jié)構(gòu)。
設(shè)計(jì)多肽做抗原時(shí)的幾點(diǎn)基本原則？
答：識(shí)別區(qū)域的選擇原則一般說來的抗原性識(shí)別區(qū)域應(yīng)具備親水、位于蛋白表面和結(jié)構(gòu)上易變形性等特點(diǎn)。既要考慮其免疫原性、特異性，還需考慮其合成難度等。通常有以下幾點(diǎn)建議：1、序列長度在8-20個(gè)氨基酸殘基之間（如果太短，就有多肽太特殊、所產(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結(jié)合能力）不夠強(qiáng)的風(fēng)險(xiǎn)，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級(jí)結(jié)構(gòu)，所產(chǎn)生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產(chǎn)品）；2、盡可能是在蛋白表面；3、保證該段序列不形成α-helix；4、N，C端的肽段比中間的肽段更好；避免蛋白內(nèi)部重復(fù)或接近重復(fù)段的序列；5、避免同源性太強(qiáng)的肽段；6、交聯(lián)可以交聯(lián)在N，C兩端，選擇依據(jù)就是交聯(lián)在對(duì)產(chǎn)生抗體不太重要的一端；7、序列中不能有太多的Pro，但有一兩個(gè)Pro有好處，可以使肽鏈結(jié)構(gòu)相對(duì)穩(wěn)定一些，對(duì)產(chǎn)生特異性抗體有益。
