在分子生物學中，電泳實驗是核酸的分離、純化及蛋白識別的有效方法，可以與凝膠成像系統配合使用，也可以單獨使用，具體根據實驗目的來選擇。瓊脂糖凝膠電泳是通過DNA片段在瓊脂糖介質電場中的電泳速率大小來判斷 DNA分子量的大小的實驗方法。
瓊脂糖凝膠中常用的染料有哪些？
1.溴化乙錠 ：溴 化乙錠通常習慣簡稱“EB"，是核酸染色及凝膠成像分析中普遍使用的染料。
EB染料屬于核酸分子嵌入型染色劑，且具有DNA誘導突變的作用。研究發現，長期使用溴化乙錠或長期處在含溴化乙錠的實驗環境中，會對人體造成較大的傷害，甚至增加遺傳方面的致畸率 。所以在實驗室中，使用EB類染料時要做好全套防護，實驗后的廢液、耗材等也要嚴格管理，切勿隨意丟棄，以防對他人造成間接傷害。
2.吖啶橙染料：吖啶橙染料（Goldview）主要用于RNA 染色、熒光染色以及細胞凋亡實驗等，從理論上講雖然Goldview染料的毒性遠遠低于 EB，但是在實驗室也不可粗心大意。
3.GelGreen熒光染料與 Gelred核酸染料
GelRed 和GelGreen 都屬于熒光核酸染料，其中Biotium的市場/份額較大，在化學發光、凝膠成像、電泳等相關實驗中應用較為普遍。 由于Gelred和GelGreen的分子量較大，且具有特殊的油性分子，很難滲透細胞膜進入動物細胞內，所以這種染料相對較為安全，實驗后的廢棄物對周邊環境的危害性也較小，可放心使用。
4.SYBR Green染料 和SYBR Gold染料
SYBR Green與SYBR Gold具有靈敏度好，成本低廉，毒性低，信噪比較高，并且實驗時無需進行洗脫操作等特點，廣泛應用于凝膠電泳分析實驗中。但是作為花箐素類核酸染料其穩定性較差，在一定光誘導下也會產生強誘變力，易造成DNA序列上的基因位點突變。
常用的這幾種核酸染料相信每個實驗室都使用過，但是對于核酸染料的危害也要注意，實驗中做好實驗防護也很關鍵。
