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    核酸染料怎么選?遠(yuǎn)慕教你選擇適合自己的染料!
    點擊次數(shù):491 更新時間:2022-12-01

      核酸染料目前已經(jīng)有很多種類型,我們在做實驗進行選擇的時候,有哪些因素制約著我們呢,我們應(yīng)該用哪些指標(biāo)去評價它們,最終找到適合的染料呢?下面從安全性、靈敏度、穩(wěn)定性、對染色效果的影響(比如染色方法、遷移率等)以及價格等方面來對染料進行評價。

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      01、安全性

      如果選擇EB替代染料,那么染料的安全性就是一個非常重要的指標(biāo)。安全性評估主要的檢測有Ames測試、細(xì)胞滲透性實驗、染色體畸變和正向突變分析、口服毒性分析等。在安全性方面,具有較多檢測項目和相對權(quán)/威的機構(gòu)出具檢測報告的核酸染料,安全性可能會更高;另外在一些報道或?qū)Ρ葦?shù)據(jù)中,我們也可根據(jù)它們可能的原料來判斷它們的安全性。

      02、靈敏度

      幾乎所有的EB替代染料都宣稱其染料的靈敏度至少不低于EB,甚至高于EB,具體到試驗內(nèi)容上,只要不是有特殊的需求(需要極/高的靈敏度),一般都能滿足。

      03、穩(wěn)定性

      核酸染料的穩(wěn)定性和在各種條件下的染色效果,會直接影響觀察到的染色結(jié)果。比如,Invitrogen的專家發(fā)現(xiàn)pH會明顯影響SYBR系染色效率,如果它高于8.3或低于7.5,它的檢測靈敏度顯著下降。這種情況很容易被忽視,就如常見的Tris緩沖液的pH值會隨著溫度的變化而變化。

      04、遷移率

      在介紹遷移率之前,先了解下常用的核酸染料電泳中應(yīng)用的3種方式。

      (1)點染法:是指將核酸染料、樣品和上樣緩沖液混在一起,直接在膠上點樣;

      (2)膠染法:是指在將融膠倒入膠板前,把核酸染料加入融化的瓊脂糖凝膠溶液中混勻,然后再倒入膠板,這種方法也是最/常用的方法;


      (3)泡染法:是指在電泳時不加入任何染料,在電泳完成后,將膠置入含有一定濃度核酸染料的染液中進行染色。

      由于所有的核酸染料最終都會結(jié)合到DNA上,才能通過染料從而對DNA進行分析,這也就意味著如果采用點染法或膠染法進行核酸檢測時,根據(jù)使用的染料不同,核酸染料或多或少會對核酸的遷移率甚至帶型產(chǎn)生影響。一般來說,核酸染料分子越大,安全性會越高;但同時,用膠染法對電泳的遷移率或帶型影響就越明顯,雖然可以通過減少核酸上樣量等方式來進行改善,但仍達不到泡染法的效果。這也是為什么大多數(shù)核酸染料(低毒/無毒)廠商建議,采用泡染法來得到準(zhǔn)確、漂亮的核酸帶型。

      當(dāng)然,對帶型、遷移率等的影響除了核酸染料外,還有其它的影響因素,比如瓊脂糖的質(zhì)量,電泳緩沖液的緩沖能力等都有可能對帶型和遷移率產(chǎn)生影響。

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