一、細菌污染
狀態：細菌在普通倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，根據感染細菌的不同，可有不同的外形，培養液一般會渾濁變黃，對細胞生長影響明顯。
預防和補救：
1.仔細檢查一下器皿的滅菌情況，是否在高壓滅菌時放氣時間和壓力足夠！尤其是和儲存培養液接觸的移液管等物品，連續兩次污染的話有可能造成儲存液污染，一定要檢查培養液是否存在渾濁現象！
2.可在培養液或血清中加支原體預防劑。
3.若細胞一旦污染，建議加支原體清除劑，能清楚常見的革蘭氏陰性和陽性菌。
二、霉菌及真菌污染
狀態：肉眼觀察培養基發現培養基顏色基本無變化，不渾濁，但是培養基中由絮狀漂浮物，顯微鏡下觀察，若感染真菌可看到分叉細絲狀的結構（不同種類結構不同），若感染霉菌顯微鏡下可看到片狀的結構，不透明，真菌及霉菌對影響細胞的生長影響不大。
預防和補救：
1.保證細胞房的干凈整潔，干燥的環境(潮濕的環境利于霉菌及真菌的生長)。
2.控制外來人員進出實驗室。
3.對實驗室及培養箱進行徹di消毒。
4.若細胞非常珍貴，且不易獲得，可以對污染的細胞采取如下操作。
懸浮細胞：收集細胞并離心，用PBS漂洗，重復此操作數次。貼壁細胞：用PBS輕輕沖洗細胞，丟棄，重復此操作數次。
三、支原體感染
狀態：鏡下黑色，多為多形，培養液一般會渾濁，國內血清很多沒做支原體陰性檢測，而支原體是牛血清中最常見的微生物之一。而且它不能用過濾的辦法除去。支原體感染細胞以后，細胞病變不很明顯，只是慢慢死亡。
預防和補救：
預防：實驗室新購買的血清及培養基需檢測是否含有支原體，引進的新品種細胞需做支原體檢測，向培養基中添加預防支原體的抗生素。
補救：向培養基中添加抗生素，（如氧氟sha星10 μg/ml、環丙sha星10 μg/ml、ka那霉素20~50 μg/ml、四環素10~50 μg/ml、慶da霉素200μg/ml等抗生素），或者向培養基中添加支原體清除劑清除支原體數天。
四、黑蛟蟲
狀態：可以穿透濾膜，也可以通過空氣傳播，低倍下為黑色點狀，高倍鏡下可看見黑色的小蟲游來游去，培養液不渾濁，一般不會太影響，細胞還可以用。常常可在同一批號的血清養的細胞中發現類似現象。
預防和補救：一般黑膠蟲不會影響細胞的生長狀態，可以嘗試改變培養基的品牌。血清凍融采取逐級凍融的方法。
五、原蟲感染
狀態：培養液可輕微渾濁，顯微鏡下那些細小的點狀物數量非常多，輕微活動，細胞雖然可用生長但繁殖速度卻明顯減慢，而且細胞狀態不好，邊緣不清楚，細胞不透亮。他們與細胞可共生，但會與細胞爭奪營養。這種共生是非常普遍的，但他們的數量小，細胞占優勢所以不會影響到細胞的正常生長，只有當他們到達一定的數量時就會影響到細胞的生長，最終形成惡性循環。
除以上污染源外，配液消毒問題、操作問題也是污染原因之一。關于培養基的無菌狀況，取培養基至培養瓶中（不加細胞），37度試培養一段時間后觀察。如果沒有細菌生長就是操作及細胞培養箱環境的問題。
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