一、菌株的采集
實驗室用菌種一是到國家法定機構采購，二是購買商業派生菌種，三是科研中菌種交流。不管是哪種來源，均統一采集。采集中嚴格按照規范執行。要求包裝可靠，采集迅速，不泄漏不污染。保證菌種合格和環境安全。采集中要有菌種傳代標識。選擇有資質的標準菌株的合格供應商，每批標準菌株必須附帶有供應商的合格證或檢測報告或說明書，來證明所采購的標準菌株是合格的。
二、標準菌株和驗收
實驗室收到標準菌株，首先應進行符合性感官檢查，記錄菌株號和標準菌株來源途徑信息，確保溯源性清楚。同時還應記錄標準菌株名稱和數量、生產日期、接收日期和有無破損等情況。
三、凍干標準菌株的復活
1.開啟產品包裝：先用70%酒精棉擦拭外包裝，再打開使用。
2.復活：選擇合適的培養基和培養條件進行復活。菌種的*活化-好是在非選擇性瓊脂培養基上，除非特殊情況或特別推薦，一般不用液體培養基。凍干菌株的傳代次數不得超過5代，從標準菌株保藏中心購買的凍干標準菌株為第F0代。
四、工作菌株確認方法及依據
用無菌接種環取上述培養物，在相應的培養基平板（營養瓊脂、大豆胰蛋白胨瓊脂）上或相應的細菌鑒別平板（如伊紅美藍、麥康凱、BP等上劃線分離單個菌落，置適宜條件下培養（若該類微生物為厭氧菌，則培養條件應為厭氧條件）。以同樣方法取真菌和酵母菌至SDA（薩布羅培養基）平板上或玫瑰紅鈉培養基平板上，23～28℃下培養7d；培養后觀察是否具有典型的菌落狀態，然后挑取單一純菌落，進行革蘭染色、鏡檢，觀察其染色特征及菌體形態以確定菌種。
五、 污染處理
假如在該平板上發現有其他菌落生長，則說明操作有污染或菌種不純。要將該污染培養物做滅菌處理，尋找原因，重新分離挑選純菌落。
六、菌種保存
所有菌種均由實驗室專人(雙人雙鎖)保存于冰箱或其它保存方式。要建立菌種登記臺帳，詳細記錄菌種采集、保管、制備、使用、處置情況；每一種菌種一定要有檢測鑒定報告（具體的的鑒定方法見菌種質量報告鑒定證書上的方法）；
具體菌種保存方法一般為：將復蘇后肉湯與滅菌甘油按15%甘油比例（肉湯8.5mL+甘油1.5mL）混合，-30 ℃凍存，（可用2mL凍存管凍存多管），作為保藏儲備菌株F1代，也可使用商品化的菌種保存管。
七、菌種的傳代
1.標準菌株的復蘇
① 菌種操作應在無菌條件下進行，防止雜菌污染。
② 每次使用和復蘇時只需將小珠在平板上滾動或置肉湯中培養。
2.標準儲備菌株每轉接一次須進行確認。（確認方法一般為他們各自*的形態，在鑒別培養基上的形態）
3.工作菌株轉接的方法
①配制營養瓊脂培養基（溶血性弧菌加3%氯化鈉 ），121℃高壓滅菌15分鐘后分裝在試管內，冷卻后備用。
②在無菌條件下，用接種環挑取菌苔至新鮮試管上作“米”字形劃線接種，放置在36℃的培養箱內培養24小時。
4.工作菌株的使用
①內部質量控制：一個月一次陽性對照、培養基每批驗收；
②外部質量控制：能力驗證、實驗室比對；
③工作菌株的期間核查
期間核查的頻率：每半年對使用標準菌株進行一次期間核查。
工作菌株期間核查的方法及依據：同工作菌株的確認一樣。
建立標準菌株期間核查記錄。
八、菌種的標識
菌種代數的計算為干粉菌種為第0代，轉接一次加一代。具體標識為：例單增李斯特氏菌第0代，標識為DZ-0，第一代標識為DZ-01第一代有12支，則DZ-01-01、……、DZ-01-12；并標明日期：如2016.02.13這樣填寫。
九、菌種的保藏
①將試管內菌種放入冰箱中2～8℃冷藏保存。
②將傳代并經過培養后的菌種放入冰箱中2～8℃保存。每支保存菌種需標明菌名、標準編號、傳次、傳代日期。
十、菌種的銷毀
①菌種使用后或超過貯存期的應進行銷毀。
②需銷毀的菌種，應用高壓蒸汽（121℃）滅菌30分鐘。
③滅菌后，再進行清洗和處理。
④銷毀的菌種應做好記錄。銷毀時由化驗負責人監督銷毀，保管人員負責銷毀。
